El primer document que esmenta Bàscara és de l’any 817; un judici celebrat a Borrassà en el qual es fixaren els límits de la «villa Baschara», possessió del bisbat. Segons Joan Coromines el nom «Bàscara» és un topònim pre-romà, provablement d’origen basc i que significa «penya del riu».

Les muralles que envoltaven la població es troben força ben conservades en alguns trams (s. XIII-XIV, refetes durant els s. XVIII-XIX ).

Camí tradicional a França era lloc de parada de les diligències que hi portaven i diversos hostals aprofitaven aquesta condició. Almenys des del principi de segle IX la vila de Bàscara fou possessió dels bisbes de Girona. Els quals però hagueren de fer prevaler els seus drets davant les pretensions dels comtes de Besalú.

El 1187 el bisbe Ramon Guissall instituí el mercat setmanal, que se celebrava els dimecres i el 1236, el rei Jaume I atorgà al bisbe la facultat de celebrar fires.

La situació fortificada al camí principal de Girona a França accentuà la importància estratègica de la vila en època moderna. Així, el 1675, la població va ser presa pels francesos, que el 1683 hi establien un campament base per al setge de Girona el 1808 i 1809, una altra vegada, les tropes franceses ocuparen Bàscara, on instal·laren els magatzems i l’hospital de sang; a la fi de la guerra el genearl Suchet féu volar les fortificacions de la vila.